大西政權建立後，張獻忠即開始經營四川，招攬流民，恢復生產，他嚴厲鎮壓橫暴地方的前明官紳和地主，在大西軍內部則嚴格約束士卒。不許淫掠，對違紀者有由“捆打”至“梟示”的處罰。同時張獻忠還命令釋放前明獄中囚犯，將各府縣的庫金銀賑濟流民。張獻忠的這些措施使得四川人心短時間內得以安定。過去曾受前明官紳地主壓迫的奴僕或紛起暴動響應大西軍，或向大西政權的地方官府告發故主罪狀，使其受到制裁。
同年，張獻忠改革大西軍制。特設大西軍各部為120營。每營都設總兵。齊豪更由張獻忠親自點名提為這120名總兵官之一，其頂頭上司便是大西皇帝義子、定北將軍艾能奇。
大西軍經營四川期間，李自成領導的大順軍已在清軍進攻下逐漸敗亡。清軍佔領黃河流域各省後，分兵南下。偽清順治二年，清廷派人入川向張獻忠招降，被張獻忠以己為漢人絕不降虜嚴加拒絕，並召集文武計議抗清，恢復中原。
順治三年八月。清肅親王豪格統兵逾劍閣入閬中，張獻忠聞訊親自率大西軍主力迎擊。至西充的鳳凰山，清兵猝至，因疏於防備，大西軍一時未及投入作戰，結果混亂中，親自敵前察看的張獻忠被清軍弓箭射死。
張獻忠戰死後；面對豪格大軍的進逼，大西軍群龍無首不得不向南撤退，此時大西軍後面是窮追而來的清軍，前面則是憑藉長江扼守的南明軍隊，大西軍幾乎走到了山窮水盡的境地。彼時軍中人心混亂，士氣低迷，不少大西軍在四川招收計程車兵都紛紛開了小差，更有不在少數的軍官攜金潛逃。面對此危局，齊豪卻堅定的相信大西軍不會敗亡，他竭力約束部下，使得其部成為少數幾支沒有士兵逃跑的營頭，得到艾能奇的誇讚。
為了應對危局，張獻忠養子孫可望、李定國、劉文秀、艾能奇四人一致決定把干涉大西軍指揮的張獻忠皇后和臣相汪兆齡處死，四人也同時各自恢復原姓，形成大西軍由四將軍領導的體制。四人中孫可望原來的地位和威信比較高，年紀稍大，又讀書識字，故而被李定國、劉文秀、艾能奇共推為首，成了大西軍餘部的最高指揮者。
解決了內患後，大西軍餘部在孫可望、李定國、劉文秀、艾能奇的領導下，集中於四川綦江，收集潰散，重整隊伍。在此次重整中，張獻忠所設的120營被裁撤，齊豪所部被直接撥入艾能奇麾下呼叫。其後，在孫可望等人指揮下，重整後的大西軍一舉擊破據守重慶的南明總兵曾英部，曾英落水淹死，部眾潰逃，大西軍由此渡過長江天險，進入遵義。由於清肅親王豪格派遣的軍隊追蹤而來，大西軍繼續南撤，進入貴州，順利地佔領了省會貴陽。
明貴州按察使張耀、布政司參議曾益、都指揮使陳瑞徵等逃到定番州，拼湊了一批兵馬負隅頑抗大西軍。孫可望遂派定北將軍艾能奇領兵進攻這這股明軍殘兵。此戰，齊豪被艾能奇委以前鋒，於二月十二日率先攻克定番，生俘貴州按察使張耀。後困所佔地區地方殘破，到處是一片荒蕪，軍中糧食接濟不上，艾能奇被迫帶領齊豪等人回師。
大西軍在貴陽安整期間，雲南發生土司沙定洲造反事件；致使明黔國公沐天波逃離昆明，孫可望便以為黔國公復仇的名義出兵雲南。大西軍開進昆明；四將軍共同稱王，孫可望稱平東王，李定國稱安西王，劉文秀稱撫南王，艾能奇稱定北王。原各王麾下所屬仍由各王直接提製。
順治四年，孫可望派劉文秀出徵川南；同年大西軍與南明永曆朝廷展開聯合抗清的談判。
永曆二年（偽順治五年）五月，艾能奇率