，啟蒙思想家、科學家萊布尼茨不但認真閱讀儒家經典，還直接跟在華的耶穌會士通訊，以瞭解更多的孔學知識，他也成為第一個系統介紹周易和六十四卦的西方人；
另一位德國人、數學家沃爾夫更推崇孔子，認為中國“靠著治國之術（孔學）使這個國家在所有方面都超過了所有別的國家”，和使用拉丁文的萊布尼茨不同，他直接使用德語在各大學巡迴演講，影響更大。
有趣的是，孔夫子同樣引起王室的興趣，早在1688年，法國“太陽王”路易十四就派張誠、白晉等五名教士訪華，這五人都是法蘭西學士院的博學之士，在中國期間，他們積極學習、蒐集中國政治、文化典章、制度，並參與清廷多項重要活動，張誠甚至8次陪同康熙巡視蒙古，並擔任了中俄尼布楚條約的翻譯，他們透過書信和回國陳述，更系統、更準確地介紹了儒學及其治國理論，在他們的推動下，儒學的“忠君思想”被主張大一統的路易十四大力推廣，中國科舉取士的制度也被一些王室採納或考慮。
應該說，王室和啟蒙主義者各看到了孔子思想和儒學的一角，兩個“孔夫子”鬥爭的結果，是代表民意的啟蒙主義者大獲全勝，這種被善意誤會了的孔學，也因此成為西方近代啟蒙運動，甚至法國大革命的原動力之一。
同樣有黑暗時期
然而好景不長，隨著孔學的傳播，不同聲音也越來越響亮。
一種聲音來自天主教本身。允許中國教徒尊孔祭祖的政策在耶穌會中本有爭議，到達中國傳教較晚的聖方濟各會出於爭奪在華傳教主導權的目的，不斷在教廷和整個歐洲挑起對孔學的爭論，目的是把孔學打成異端。其代表人物利安當（黎玉範）於1643年向教廷提出17項指責，將孔學貶為異端，尊孔稱為偶像崇拜，要求教廷下令禁絕，他甚至喊出“我們到這兒（中國）是要傳播福音，不是來做孔子門徒”的口號，使爭論白熱化。在這些聲音的挑唆和壓力下，教廷幾經反覆，終於在1704年11月20日，由教皇克勉十一世發出禁約，把孔學稱為異端邪說，嚴禁中國教徒尊孔祭祖，並對違反禁約縱容此行為的傳教士作出開革出教的威脅。此舉非但激怒康熙，導致天主教在中國的被禁，也同樣成為宗教勢力圍剿歐洲孔學的衝鋒號。
在這種壓力下，許多保守派人士開始以“褻du上帝”的名目反擊儒學宣傳。安松在《環球旅行記》中就侮蔑“中國人都是賊”，1700年義大利人費內隆《死者的對話》更杜撰了蘇格拉底對孔子的痛斥；1723年，普魯士國王腓特烈&；#8226；威廉一世以“反對聖經”的口實，勒令正在其境內巡迴演講的沃爾夫48小時內離境，否則絞死，一時間反孔聲浪甚囂塵上。
然而當時啟蒙思想深入人心，來自教廷的指責反倒激發了各界對孔學的更大興趣，沃爾夫在遭打壓後非但未銷聲匿跡反倒名利雙收，就是明證。
另一種聲音則來自對孔學的理性思辨。法國大哲學家孟德斯鳩一方面稱讚儒學重視道德、重視農業、崇尚禮教，一方面指出，其片面忠君思想將導致君主專權，並剝奪“人民的榮譽感”；對近代科學持懷疑態度的盧梭則認為，孔學使中國經濟文化發達，而這種發達恰成為“道德敗壞的溫床”。和教廷出於宗教偏見的攻擊不同，這些聲音是理性思考的產物，雖然這種思考並非建立在對孔學的深入瞭解上，但這種思潮的出現，體現了歐洲人開始從盲從中清醒，開始重新架構屬於自己的思想體系。
大革命、思想解放和工業革命，使得歐洲的政治、經濟、文化突飛猛進，原先對中國的羨慕和景仰，也漸漸被輕蔑所代替，孔學也在這樣的背景下在西方逐漸式微。
18世紀後期，德國哲學家赫爾德公開站出來反對“中國癖”，認為中國社會尚處於“幼兒期”，