雖然國內的大豆進口不斷增加，但並未出現進口激增衝擊到國產大豆的情況。
以大豆油為例，2002年發放給國營貿易企業的配額比例是34％，但是到了2005年就降到了10％，到了2006年全部取消，這將直接影響我們進口時對外的談判能力。
另外，由於放棄農產品特殊保障機制，結果在進口激增的時候，中國只能採用WTO協議中的一般保障條款來保護國內產業。農產品特殊保障機制是針對部分WTO成員，為了避免實行關稅管理後，國內農產品市場受到衝擊制定的特殊條款，而一般保障條款是世貿組織所有成員都適用，但是其限制非常嚴格。
在履行承諾的同時，中國進口量激增——2000年中國大豆進口量首次突破1000萬噸，2001年中國大豆進口量增加到1394萬噸。同時進口企業也在增加，2001年參與大豆直接進口的大豆壓榨企業達到19家，2002年增加到29家。
面臨大規模的進口大豆的衝擊，國內也在考慮相應的對策。2001年時，歐盟、日、韓國等國家和地區對轉基因與非轉基因的爭議比較大。2001年6月，中國農業部也頒佈了《農業轉基因生物安全管理條例》，次年又頒佈了3個配套辦法。
當時外電評價，在成為世貿成員國後，中國準備利用非關稅壁壘保護農產品。但是按照WTO《實施衛生植物衛生措施協定》的規定，要限制轉基因大豆的進口，必須要有科學依據證明轉基因大豆有害，在轉基因的危害還不能確定之時，這些條例在實際執行時效果大打折扣。
2002年3月農業部又接著出臺《農業轉基因生物進口安全管理臨時措施》，當年10月以及次年5月，又兩次延長措施。但2003年中國大豆進口量依然突破2000萬噸，達到2074萬噸，從而成為世界大豆第一進口大國。
中國雖然成為世界大豆最主要的買家，但卻始終無法擁有在全球大豆定價機制中的發言權。近一年內，國內一直存在爭奪大宗商品定價權的呼聲，主張挾中國市場以令諸侯。這需要我們更深入的掌握國際期貨市場的遊戲規則以及改變不合理的國際貿易規則。
這些年來，由於中國企業對國際期貨市場的遊戲規則把握不夠，往往被國際期貨炒家牽著鼻子走。有時候，中國的大豆壓榨企業就像一頭牛，很有力量，但是在芝加哥期貨交易所中，卻被別人的一塊紅布牽著跑！
2004年的大豆危機是對此最好的詮釋。
2004年3月，得知中國大豆採購代表團即將前往美國採購大豆，在國際炒家的哄抬之下，芝加哥期貨交易所大豆期貨價格從先前的約220美元／噸暴漲到391美元／噸。接著在中國大豆壓榨企業簽下高價進口合同，離開美國之後，整個國際市場大豆價格隨即暴跌，最高下跌了125美元／噸。最終參加採購團的各家中國企業損失慘重，有的甚至從此一蹶不振。當時國內的大豆壓榨企業投機心理極強，以為“買到豆子就能賺錢”，結果根不按照壓榨能力來安排採購，只需20萬噸，卻往往購買四五十萬噸大豆。以至於最終大豆一路下滑的時候，很多企業被迫放棄履約，紛紛賠付定金。
據業內人士估計，僅2004年的大豆風波，全行業整體虧損就高達40億元。
這也為隨後外資的大規模併購國內大豆壓榨企業創造了條件。就此，ADM、Wilmar、嘉吉、託福、來寶、路易達夫等國際大豆主要供應商透過參股、控股等低成擴張方式，大舉進入中國大豆壓榨行業。
除了國際期貨市場的因素之外，現行的國際大豆貿易的遊戲規則，也決定了中國企業從一開始就處於被動地位。現在國內的大豆壓榨企業都是透過ADM、嘉吉、路易達夫等幾大的外資貿易商去國外採