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那時候因《新青年》上文學革命的鼓吹，而我們認識留美的胡適之君，他回國後，即請到北大任教授。胡君真是“舊學邃密”而且“新知深沉”的一個人，所以一方面與沈君默，兼士兄弟，錢玄同，馬幼漁，劉半農諸君以新方法整理國故，一方面整理英文系；因胡君之介紹而請到的好教員，頗不少。
我素信學術上的派別，是相對的，不是絕對的；所以每一種學科的教員，即使主張不同，若都是“言之成理持之有故”的，就讓他們並存，令學生有自由選擇的餘地。最明白的，是胡適之君與錢玄同君等絕對的提倡白話文學，而劉申叔、黃季剛諸君仍極端維護文言的文學；那時候就讓他們並存。我信為應用起見，白話文必要盛行，我也常常作白話文，也替白話文鼓吹；然而我也宣告：作美術文，用白話也好，用文言也好。例如我們寫字，為應用起見，自然要寫行楷，若如江艮庭君的用篆隸寫藥方，當然不可；若是為人寫斗方或屏聯，作聯飾品，即寫篆隸章草，有何不可？
那時候各科都有幾個外國教員，都是託中國駐外使館或外國駐華使館介紹的，學問未必都好，而來校既久，看了中國教員的闌珊，也跟了闌珊起來。我們斟酌了一番，辭退幾人，都按著合同上的條件辦的。有一法國教員要控告我；有一英國教習竟要求英國駐華公使朱爾典來同我談判，我不答應。朱爾典出去後，說：“蔡元培是不要再做校長的了”，我也一笑置之。
我從前在教育部時，為了各省高等學堂程度不齊，故改為各大學直接的預科；不意北大的預科，因歷年校長的放任與預科學長的誤會，竟演成獨立的狀態。那時候預科中受了教會學校的影響，完全偏重英語及體育兩方面；其他學科比較的落後，畢業後若直升本科，發生困難。預科中竟自設了一個預科大學的名義，信箋上亦寫此等字樣。於是不能不加以改革，使預科直接受本科學長的管理，不再設預科學長。預科中主要的教課，均由本科教員兼任。
我沒有本校與他校的界限，常為之通盤打算，求其合理化。是時北大設文理工法商五科，而北洋大學亦有工法兩科；北京又有一工業專門學校，都是國立的。我以為無此重複的必要，主張以北大的工科併入北洋，而北洋之法科，刻期停辦。得北洋大學校長同意及教育部核准，把土木工與礦冶工併到北洋去了。把工科省下來的經費，用在理科上。我本來想把法科與法專併成一科，專授法律，但是沒有成功。我覺得那時候的商科，毫無裝置，僅有一種普通商業學教課，於是併入法科，使已有的學生畢業後停止。
我那時候有一個理想，以為文理兩科，是農工醫藥法商等應用科學的基礎，而這些應用科學的研究時期，仍然要歸到文理兩科來。所以文理兩科，必須設各種的研究所；而此兩科的教員與畢業生必有若干人是終身在研究所工作，兼任教員，而不願往別種機關去的。所以完全的大學，當然各科並設，有互相關聯的便利。若無此能力，則不妨有一大學專辦文理兩科，名為本科，而其他應用各科，可辦專科的高等學校，如德法等國的成例。以表示學與術的區別。因為北大的校舍與經費，決沒有兼辦各種應用科學的可能，所以想把法律分出去，而編為本科大學；然沒有達到目的。
那時候我又有一個理想，以為文理是不能分科的