。例如文科的哲學，必植基於自然科學；而理科學者最後的假定，亦往往牽涉哲學。從前心理學附入哲學，而現在用實驗法，應列入理科；教育學與美學，也漸用實驗法，有同一趨勢。地理學的人文方面，應屬文科，而地質地文等方面屬理科。歷史學自有史以來，屬文科，而推原於地質學的冰期與宇宙生成論，則屬於理科。所以把北大的三科界限撤去而列為十四系，廢學長，設系主任。
我素來不贊成董仲舒罷黜百家獨尊孔氏的主張。清代教育宗旨有“尊孔”一款，已於民元在教育部宣佈教育方針時說他不合用了。到北大後，凡是主張文學革命的人，沒有不同時主張思想自由的；因而為外間守舊者所反對。適有趙體孟君以編印明遺老劉應秋先生遺集，貽我一函，屬約梁任公、章太炎、林琴南諸君品題；我為分別發函後，林君覆函，列舉彼對於北大懷疑諸點，我復一函，與他辯；這兩函頗可窺見那時候兩種不同的見解，所以抄在下面：（略）
這兩函雖僅為文化一方面之攻擊與辯護。然北大已成為眾矢之的，是無可疑了。越四十餘日，而有五四運動。我對於學生運動，素有一種成見：以為學生在學校裡面，應以求學為最大目的，不應有何等政治的組織。其有年在二十歲以上，對於政治有特殊興趣者，可以個人資格，參加政治團體，不必牽涉學校。所以*七年夏間，北京各校學生，曾為外交問題，結隊*，向總統府請願；當北大學生出發時，我曾力阻他們，他們一定要參與；我因此引咎辭職。經慰留而罷。到八年五月四日，學生又有不簽字於巴黎和約與罷免*派曹、陸、章的主張，仍以結隊*為表示，我也就不去阻止他們了。他們因憤激的緣故，遂有焚曹汝霖住宅及攢毆章宗祥的事，學生被警廳逮捕者數十人。各校皆有，而北大學生居多數；我與各專門學校的校長向警廳力保，始釋放。但被拘的雖已保釋，而學生尚抱再接再厲的決心，政府亦且持不做不休的態度，都中喧傳政府將明令免我職而以馬其昶君任北大校長，我恐若因此增加學生對於政府的糾紛，我個人且將有運動學生保持地位的嫌疑，不可以不速去。乃一面呈政府，引咎辭職，一面秘密出京，時為五月九日。
那時候學生仍每日分隊出去演講，政府逐隊逮捕，因人數太多，就把學生都監禁在北大第三院。北京學生受了這樣大的壓迫，於是引起全國學生的罷課，而且引起各大都會工商界的同情與公憤，將以罷工罷市為同樣之要求。政府知勢不可侮，乃釋放被逮諸生，決定不籤和約，罷免曹、陸、章，於是五四運動之目的完全達到了。
五四運動之目的既達，北京各校的秩序均恢復，獨北大因校長辭職問題，又起了多少糾紛。政府曾一度任命胡次珊君繼任，而為學生所反對，不能到校；各方面都要我復職。我離校時本預定決不回去；不但為校務的困難，實因校務以外，常常有許多不相干的*，度一種勞而無功的生活，所以啟事上有“殺君馬者道旁兒；民亦勞止，汔可小休；我欲小休矣”等語。但是隔了幾個月，校中的糾紛，仍在非我回校，不能解決的狀態中，我不得已，乃允回校。回校以前，先發表一文，告北京大學學生及全國學生聯合會，告以學生救國，重在專研學術，不可常為救國運動而犧牲。（全文見《蔡孑民先生言行錄》下冊337至341葉。）到校後，在全體學生歡迎會演說，說明德國大學學長校長均每年一換，由教授會公舉；校長且由神學醫學法學哲學四科之教授輪值；從未生過糾紛；完全是教授治校的成績。北大此後亦當組成健全的教授會，使學校決不因校長一人的去留而起恐慌。（全文見《言行錄》341至344葉。）
那時候蔣夢麟君已允來北大共事，請他通盤計劃，設立教務總務兩處；及聘任財務等委員會，均以教授為委員。請蔣君任總務長，而顧孟餘君任教務長。