【擒殺隆武、紹武兩帝，又平定了陳子壯陳邦彥張家玉等人的起義，李成棟對於大清朝可謂是勞苦功高，原本以為會被清廷授予兩廣總督，不料清廷卻將總督一職授予佟養甲，僅授予李成棟兩廣提督一職。這樣李成棟不僅沒有權力過問兩廣地區民政事務，連軍事上面都要收到佟養甲節制。
佟養甲出身遼陽世家，努爾哈赤起兵攻陷撫順時，佟養甲族人佟養正叛降努爾哈赤，佟養甲為避免受到牽連，流落關內。隱姓埋名投身於左良玉軍中，直到弘光元年（公元1645年）才隨左良玉之子左夢庚在江西投降清廷。佟養甲降清後，雖然沒有立過很大戰功，但因為在滿清朝廷之中有家族作為靠山，所以頗受信任。因此在李成棟攻陷廣東後，被任命為兩廣總督兼廣東巡撫，位居李成棟之上。
清廷這種不公平待遇，使得李成棟惱怒異常，南明永曆二年（公元1648年）正月，金聲桓據南昌反正的訊息傳來。李成棟也立即響應，在四月十五日於廣州發動兵變，用永曆年號，宣佈反正歸明。兩廣總督佟養甲聞聽此事之後大驚失色，可惜這一次他連逃跑的機會都沒有，直接就被李成棟給劫持了，無奈之下，佟養甲選擇了保命為先，剪了辮子，跟隨李成棟一起反清了。
由於此時廣東全省都在李成棟部將控制之下，因此李成棟反正之後，廣東全省也都宣佈反正歸明。同時清廷廣西巡撫耿獻忠也在梧州同梧州總兵楊有光、蒼梧道陳軾等人率部反正，已經降清的原南明廣西巡撫曹燁、高雷巡撫洪天擢也相繼迴歸永曆朝廷，一時之間永曆朝廷所失廣東、廣西之地又光復回來。再加上金聲桓的江西，何騰蛟的湖南，相當於大半個江南都回到了南明手裡，滿清能夠掌握的長江以南只剩下江浙一帶。】
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只見朱元璋眉頭緊皺，面色陰沉地望著遠方，長嘆一聲道：“如今這局勢，看似熱鬧非凡，聲勢浩大，但實際上不過是一群被利益矇蔽了雙眼的鼠目寸光之徒罷了！他們整日蠅營狗苟，只為一己私利爭鬥不休，全然不顧國家大義和百姓死活。如此烏合之眾，如何能抵禦外敵？反倒讓那滿清撿了個大便宜，可以趁機將這些毒瘤一一剷除。依咱看吶，用不了一年時間，這局勢必將發生驚天逆轉！”
說到此處，朱元璋不禁搖了搖頭，滿臉皆是失望之色。他心中感慨萬千，曾幾何時，大明王朝何等輝煌，卻因天災連連、官員腐敗等諸多原因而走向衰落。如今南明這幫人非但不能力挽狂瀾，反而變本加厲，自毀長城。這般情景，實在令人痛心疾首。在朱元璋看來，南明若不滅亡，簡直就是天理難容啊！
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【李成棟此次的反正之舉實際上並不得人心，其緣由在於他此前在廣東地區展開的屠戮行為過於兇殘狠辣，致使民怨沸騰。為了竭力爭取民心，李成棟絞盡腦汁想出了一系列手段：
一方面，他公然宣稱，自身之所以毅然決然地反清起義，乃是深受陳邦彥、張家玉以及陳子壯等人毀家紓難之崇高精神的強烈震撼所致。不僅如此，他甚至毫不顧忌地將自家的妾室趙氏也搬了出來，聲言正是趙氏以死相逼、苦苦勸諫，方才令他猛然醒悟，痛改前非。更為誇張的是，李成棟在反清之後，竟然特意尋人創作了一首名為《趙夫人歌》的長詩，以此詳細記錄下這段所謂的心路歷程。
至於旁人是否相信他的說辭，此時已無關緊要。畢竟當時的局勢已然陷入絕境，而走投無路的永曆帝在聞知李成棟反正歸明這一訊息之後，大喜過望，雖然李成棟一個人就幹掉了兩位南明皇帝，但隆武與紹武本身就與永曆關係不好，甚至反目成仇，李成棟對於永曆來講也是有功無過，所以永曆帝當即頒下詔令，冊封李成棟為廣昌侯，賜封佟養甲為襄平伯，並擢升耿獻忠擔任兵部尚書一職。
不過，這個佟