後決定，派遣部下將領萬大鵬等兩人前往招安。劉體仁、郝搖旗看到來者只有兩匹馬，便出來迎接並將他們引入演武場，以美酒佳餚款待。這兩人始終一言不發，只是與劉體仁、郝搖旗等人盡情暢飲。待酒足飯飽之後，劉體仁、郝搖旗等人詢問他們的來意，二人回答道：“督師覺得湘陰地方太小，難以容納你們龐大的軍隊，所以建議你們移駐到長沙去。”說著，他們取出了何騰蛟的手信，向劉體仁、郝搖旗等大順軍將領招安道：“何先生期待著你們歸降的那一天，他發誓會永遠保障你們享盡榮華富貴。”
郝搖旗等人非常高興，立刻同萬大鵬一道到了長沙。何騰蛟開誠佈公地對他們加以安撫和慰問，設宴飲酒狂歡，並且用牛肉和酒搞勞了他的隨行官員。何騰蛟命令先璧率領三萬士兵演習騎射，大小軍旗遮天蔽日。郝搖旗等又非常高興，招集大順軍其他餘部袁宗弟、藺養成、王進才、牛有勇等都來歸順，一下子增加了十多萬士兵，軍威大振。
沒過多久，李自成的將領李錦、高必正率領著十幾萬軍隊逐漸逼近了常德城。何騰蛟得知這個訊息後，立刻下令讓堵胤錫將這支隊伍招安，並安排他們在荊州駐紮下來。這樣一來，李自成手下的幾十萬士兵最終都歸附了何騰蛟。然而，當何騰蛟向隆武帝上書時，他卻隻字不提自己招安李自成軍隊的功績，反而強調李自成已死，認為這是上天顯靈的結果。他還建議隆武帝前往郊外祭祀天地，以感謝神靈的庇佑。
隆武帝聽到這個訊息後欣喜若狂，立刻對何騰蛟委以重任，任命他為東閣大學士，併兼任兵部尚書一職。同時，還賜予他定興伯的封號，並讓他繼續統領軍隊。然而，儘管隆武帝如此信任和重視，但朝中大臣們對於李自成是否真的死亡仍心存疑慮。畢竟，這關係到國家的安危和局勢的穩定。面對這種情況，何騰蛟並沒有因為自己的功績而驕傲自滿。相反，他反覆向眾人解釋說，李自成確實已經死亡，而且屍體也開始腐爛。
儘管如此，朝中一些人仍然對此持懷疑態度。他們認為，李自成可能會利用替身來迷惑敵人，從而達到自己的目的。但是這個時候，南明的主要敵人已經是清軍了，別說李自成真死了，就算沒死，也顧不上這些了。
面對隆武帝的封賞，何騰蛟表現出了謙遜和低調的態度。他深知自己雖然取得了勝利，但功勞並不完全屬於個人，而是全體將士共同努力的結果。因此，當隆武帝想要給他加官進爵時，他堅決推辭，表示自己不能居功自傲。隆武帝得知此事後，十分感動，認為何騰蛟不僅有勇有謀，而且品德高尚。於是，他再次下旨，要求何騰蛟接受封賞。最後，在隆武帝的堅持下，何騰蛟終於接受了官職和爵位。但他依然保持著謙虛的態度，認為自己還有很多不足之處需要改進。
在順治三年（公元 1646 年）的時候，永曆帝正式登基稱帝，而何騰蛟也因此被封為武英殿大學士，並獲賜太子太保的頭銜。儘管何騰蛟是一位忠心耿耿的臣子，但他與史可法面臨著同樣的困境——麾下缺乏可靠的將領與軍隊。
時間來到順治四年（公元 1647 年）春季，何的手下王進才聲稱軍中糧草匱乏，開始在當地四處搶掠，甚至將魔爪伸向了湘陰地區。恰巧此時清兵抵達長沙，王進才驚慌失措地逃往湖北。
面對如此局勢，何騰蛟無力防守，只能孤身一人逃向衡州，最終導致長沙和湘陰同時淪陷敵手。
同年六月，何騰蛟前往拜見永曆帝，永曆帝和太后都親自接見了他。
同年八月，清軍攻克武岡。永曆帝聞風喪膽，匆忙逃離，先是逃往靖州，隨後輾轉至柳州。彼時，常德和寶慶已落入敵手，永州亦再度淪陷。永曆帝心生退意，欲退回桂林。然而，此時的桂林城中，僅有焦璉所率之寥寥兵力。何騰蛟則率趙印選與胡一青兩部前來馳援。