與此同時，南安侯郝永忠（原大順軍將領郝搖旗）竟也領著萬餘兵馬不期而至，且來意不善，意圖對焦璉的軍隊動武。幸運的是，宜章伯盧鼎的軍隊恰巧趕到，何騰蛟趕忙從中斡旋，這才讓雙方放下敵意，使得桂林局勢得以穩定。接著，何騰蛟下令，命焦璉、郝永忠、盧鼎、趙印選、胡一青各自鎮守興安、靈川、永寧、義寧等州縣，自己則帶領五將共同禦敵。
順治五年（公元 1648 年）正月，永曆帝居住在桂林，加封騰蛟為太師，並晉升爵位為侯，子孫可以世襲。二月，清兵攻破了全州，進而抵達興安。郝永忠率領的軍隊戰敗潰散，他自己則逃往桂林，永曆帝無奈之下只得向西逃竄，並且放縱士兵肆意搶掠。此時，何騰蛟急忙從永福趕來。清軍得知桂林發生變故，直接抵達北城門。何騰蛟於是率領焦璉、胡一青等將領分別據守三個城門，抵禦敵軍，清軍這才退回全州。恰好這時金聲桓和王得仁背叛了清朝，率軍前來歸附明朝。
在湖南的清軍暫時撤退，何騰蛟趁機攻佔了全州。之後，他又派遣保昌侯曹志建、宜章侯盧鼎、新興侯焦璉、新寧侯趙印選攻打永州，經過三個月的圍攻，雙方進行了大大小小三十六次戰鬥，最終於十一月初一攻克了永州。沒過多久，監軍御史餘鯤起、職方主事李甲春攻佔了寶慶，其他將領也相繼攻佔了衡州，馬進忠則奪取了常德，之前失去的湖南領土大多得以收復。
順治六年（1649 年）正月，何騰蛟從益陽出兵攻打長沙，並與其他將領約定好時間前往會合。之後，何騰蛟又親自前往由大順軍改編而來的忠貞營，邀請李赤心入駐衡州。然而，何騰蛟手下只有六千名士兵，由於擔心被忠貞營合力攻擊，這些士兵都不敢護送他前行。於是，何騰蛟只帶了三十名屬吏和士兵一同出發。當他們快要到達目的地時，卻聽聞李赤心率兵向東進發，便緊跟著他來到了湘潭。
湘潭此時已然成為一座空城，李赤心沒有留下任何防守的兵力便匆匆離去，這也使得何騰蛟得以順利進駐城中。然而，清兵很快得知了何騰蛟已經進入這座空城的訊息，他們迅速派遣將領徐勇帶領軍隊進城。
值得一提的是，徐勇曾經是何騰蛟手下的一員將領。當徐勇進城之後，他竟然親自率領自己計程車兵將何騰蛟團團圍住，並向他行禮，試圖勸說他投降。但何騰蛟毫不畏懼，破口大罵，堅決拒絕投降。面對何騰蛟的強硬態度，徐勇無奈之下只得將他劫持帶走。何騰蛟被囚禁期間，毅然選擇絕食抗議，整整堅持了七天。最終，清兵無法再忍受他的反抗，殺害了何騰蛟。
遠在他鄉的永曆帝得知何騰蛟犧牲的噩耗後，悲痛萬分，多次舉行隆重的祭奠儀式，追贈何騰蛟為中湘王，諡號文烈。此外，永曆帝還特意任命何騰蛟的兒子何文瑞擔任僉都御史一職。
而隨著何騰蛟的離世，實際上永曆帝手中的力量已經所剩無幾，他不得不繼續踏上漫長的逃亡之路，前途充滿了未知與艱難險阻。】
“何騰蛟是一個善於調合各方勢力的封疆之才，但不是一個合適的大將，可惜他的手下大多忠誠度不可靠，這才害了他。”李善長感慨地說道。
他自問，如果將自己置身於何騰蛟的處境之中，以何騰蛟所擁有的條件，他也無能為力挽救南明。同時，他暗自慶幸自己選擇了跟隨朱元璋，陳友諒和張士誠手下並不缺乏有才能的人，但最終能夠封公拜相的卻是他李善長。這並非僅僅因為他個人的能力，更是因為他做出了正確的選擇，跟對了朱元璋這位英明的君主。