天皇朝廷，天皇朝廷則宣佈將擁有萬石以上知行的前幕府旗本一次性升格為諸侯，雙方各有所得，表面上自然皆大歡喜。天皇朝廷隨即正式任命黑田家為北九州管領、島津家為南九州管領、移廣島藩至今治並授淺野家為四國管領、加增長州藩廣島三十萬石並授毛利家為山陽道管領。
同時，天皇朝廷還依約任命尾張藩為東海道管領、水戶藩為關東八州管領、甲府藩為中山道管領、會津藩為越後出羽管領，並根據華夏的要求加增知行仙台藩十五萬石並授予陸奧管領的職務。只是在山陰、北陸兩地管領的任命上，京都朝廷耍了手腕。
十月十一日，日本朝廷以鳥取藩在討伐幕府過程中首鼠兩端為由，將其知行從三十二萬五千石減封至十九萬五千石，並由同族岡山藩接收伯耆一國。不過為了安撫池田家，朝廷宣佈山陰管領一支由池田家兩支輪流擔人；同日，天皇朝廷又以同樣理由削減加賀福井藩知行至六十五萬石，使得加賀百萬石的故事到此為止，只是同樣出於安撫的目的，京都方面安排前田家與越前松平家輪流出任北陸道管領。
事不關己且能挑撥兩藩與朝廷的關係，幕府自是樂得在一旁看好戲，至於利益受損的兩藩雖然上下激憤，然而卻面對有華夏撐腰的朝廷敢怒不敢言。由此，天皇朝廷用奪自鳥取、福井兩個強藩的幾十萬石知行初步確立了自己的權威。
解決了領地和旗本問題之後，幕府和朝廷接下來進行的談判就變得順暢起來。
幕府隨後承認天皇朝廷是日本對外的最高象徵，天皇擁有接受國書、制定年號、授予朝臣官位、批准各藩聯姻及養子繼承等方面的權力。不過，天皇不過問具體的朝政處置，相關權力由關白兼左大臣與徵夷大將軍兼右大臣共同掌握和施行，其中也包括將軍奉還的領地及朝廷在西國獲得的藩領上的國司、郡司、總地頭、地頭的任命權。
看起來幕府和朝廷已經取得了一致，“公武合體”即將實現，只是誰都沒有想到事情進行到這一步還有變數………由於之前華夏對各地反幕諸侯的許諾，因此公家和幕府不得不接受華夏強加給雙方的諸侯會議，並共同承諾今後朝廷的大政國策“悉決於公論”，由此日本的最高權力實際轉移到了藩主參議們的手中。
然而藩有大有小，每藩的立場和想法也各自不同，為了均衡強藩與小藩之間的利益，避免某些大藩操縱會議，也是避免小藩聯合起來跟強藩作對，所以幕府、朝廷與列藩約定，五萬石以下諸侯擁有一票，五萬石以上十萬石以下算作三票，十萬石以上三十萬石以下擁有五票，三十萬石以上每藩十票。
釐清了票權之後，諸侯會議便粉墨登場了………華夏武成十三年十月二十九日，日本各藩諸侯齊聚京都，第一次諸侯會議正式召開，東山天皇蒞臨會議，將軍、關白以下公武雙方同時向天皇宣誓效忠，至此“公武合體”實現，名不符實的“王政復古”宣告達成。
第一次諸侯會議的議程很多，管領與普通諸侯的官位確認、國司郡司的職權範圍的認定等等，林林總總有十幾個議題，不過最重要的議案有兩個，第一是關於各藩武備的處理，第二個就是與華夏停戰條約簽署及賠款的籌措。
各藩武備處置當然是很重要的議案。別看現在日本雖然重新太平了，但是管領所在的強藩對本道範圍內的小藩的壓迫感卻因為幕府的虛化更加明顯了，因此各藩都不願意放棄保衛自己的武力，只是維持軍備是要花大價錢的，在各藩財力都有限的情況下該如何取得平衡呢？大藩、小藩、將軍、朝廷都有自己的考量。
經過幾天的爭論，大洲藩提出的方案得到了大多數諸侯的讚賞。根據大洲藩的方案，天皇朝廷將不設常備軍，以各道管領統轄本藩及道內各藩諸侯的兵馬維持治安，當管領無法鎮壓本道一揆和叛亂時，由將軍統率直屬武力及