之所以將中隊的編制固化，是為了方便艦隊一級根據不同烈度的作戰需要編組大小適宜的分艦隊，因此從這一角度來看，分艦隊便成了臨時性的編制；至於各鎮守府則可以視作常設的港口分艦隊，而根據鎮守府的規模大小，每個鎮守府下轄若干巡航船、信報船、軍輸船中隊，只不過原編列的雜式船隻將被統一的三等巡航船、三等信報船、一萬五千料中型軍用運輸船、一萬料輕型軍用運輸船及五千料小型近海運輸船所替代。
鑑於華夏水師編制的龐大，改編將是一個漫長的過程，等到整個整編計劃完成後，華夏水師將擁有五十四門炮以上一至四等巡洋艦五十六艘，四十門炮以上一至二等巡航船一百四十艘，三等巡航船以下輔助船隻超過四百艘，幾乎相當於此時英法荷三國海軍的總和。而且與陸師執行的移防改置政策一樣，水師各中隊之間也將每隔三年進行一次大規模的換防，只是由於各鎮守府名下中隊裝備的船隻船型較小的原因，因此換防只在鎮守府與鎮守府之間、外洋艦隊與外洋艦隊之間進行，至於人事交流則不限於三年的概念。
由於華夏水師不單包括外洋水師，因此內河水師一樣進行了改編………長江內河水師被分拆成負責洞庭湖及武昌上游地區的荊江艦隊、負責鄱陽湖及贛江流域的湖口艦隊和負責長江中下游的兩江艦隊；黑龍江內河水師也拆分為烏蘇里江艦隊、松花江和牛滿江艦隊、黑龍江上游艦隊………再加上原有的珠江內河艦隊、湄公河艦隊在內，內河水師也分成八個艦隊。
內河外洋水師整編為艦隊之後，配合作戰的龍驤軍也從原來的八個師一下子擴充到十九個師，然後在部隊數目增加的同時，單個師的兵員卻依照騎軍、馬步軍的編制予以縮編為每師六千人，以適應更靈活的排程。
水師的整編動作很大，但卻不是這次水師改制中最最重要的部分。為了更好執行華夏海路並進的國策並依照水陸兩軍不同的特點實施有效的指揮，鄭克臧在單一兵部體制不做變動的情況下，將樞密院一分為二，分別組建負責指揮陸師的北樞密院以及負責指揮水師的南樞密院。麻英如願以償的成為首任南樞密院使，而原樞密副使金言智也取代尹民通成為首任北樞密院師。在南樞密院成立後，為了加強水師方面的話語權，鄭克臧還改變了原定將蒙古義從軍併入神策軍的計劃，規定神策軍為專司在南方各都護府作戰的部隊，且與龍驤軍、伏波軍一樣歸由南樞密院統一排程，至於東北六都護府及北海、喀爾喀兩大都護府繼續以蒙古義從軍的名義招募蒙古、巴爾虎、錫伯等族僱傭兵
666。探路非洲
國內的水師改制並沒有影響原東天竺水師對非洲航線的探索（當然，更多的原因是派出去探查的哨船並不知道國內的動向），這不，在走過一趟來回的水師大學堂的領航官的指引下，一隊華夏艦船出現在了非洲海岸線外。
當初華夏使團前往歐洲時系從印度的本地治裡出發，南下越過馬爾地夫群礁再橫穿整個大洋抵達馬達加斯加東側的馬斯克林群島，在模里西斯的法國殖民港進行一番補給和休整後再直航風暴角進入大西洋；而回程時因為有葡萄牙船隻帶路，一行人在穿越風暴角後直接駛入葡萄牙在莫三比克沿海的殖民貿易港休整的，然後再直航印度。
相比在馬達加斯加島兩側透過的法葡兩條航線，華夏方面的選擇其實更多………這一時期的阿曼算端國在蒙巴薩、桑吉巴爾均派有總督和駐防軍，如坦噶、巴加莫約、潘加尼等新的東非港口和城鎮也都控制在斯瓦希里…阿拉伯商人聯盟手中………相比那些臭名昭著的歐洲殖民商人，新來的華夏海商的名聲要好上太多，因此華夏水師的探路船大可以環繞整個印度洋邊界航行而不用擔心找不到補給港口。只是這樣的航行並不經濟且耽誤時間，但為了找到一條通往風暴角最便捷的通道和一