朱元璋發覺了他的陰謀，於是下令處死了胡惟庸。但是由胡惟庸案卻牽連了許多無辜的大臣，這些大臣也被加上了胡黨的罪名，其中有第一勳臣李善長，株連被殺的功臣和家屬達到三萬多人，時間長到數年之久。還有一個就是藍玉案，藍玉是朱元璋猛將常遇春的妻子的弟弟，作戰非常勇猛，也是和朱元璋打天下的開國功勳，為朱元璋屢立奇功。在洪武二十一年，帶領十五萬大軍，深入沙漠征討元順帝之孫脫古思帖木兒，打得元軍潰敗，朱元璋說他可以比衛青、李靖，封他為涼國公。但藍玉恃功自傲，驕橫跋扈，做了很多違法的事，又想謀反，被朱元璋族誅，又株連了許多人，包括一大批高官，總數達一萬五千人。開國功臣徐達並沒有犯任何罪行，但朱元璋也不肯放過，有一次徐達得了背疽，不能吃鵝肉，但朱元璋就是派人給他送去了鵝肉，徐達沒有辦法，只好當著使者的面，含淚吃了，沒幾天就一命歸西了。宋濂，朱元璋委任他為諸子師傅，太子朱標在宋濂的教導下，仁德寬厚，成為一位賢明的儲君，因為馬皇后求情，宋濂終於免於一死，但被髮配茂州，後來便客死在那一塊荒地。在這些功臣當中只有一個人壽終正寢，沒被朱元璋殺死，他叫朱升，他預感到朱元璋會疑忌功臣，所以告老還鄉，死時七十二歲，在他死後，他的家人暗暗慶幸。
朱元璋的誅殺功臣前後長達十四年之久，被誅殺者有五萬多人，開國元勳幾乎被朱元璋誅殺殆盡。
第四 設立錦衣衛和詔獄。為了加強對大臣和百姓的控制，朱元璋設立了特務組織錦衣衛，即秘密警察，專門刺探大臣的舉動和百姓的一言一行。錦衣衛充當朱元璋的耳目，遍佈每一個角落，互相交錯，密如蛛網，這是中國前所未有的現象，街頭巷尾的一舉一動，夫妻爭吵和市井打鬥，早上發生，晚上就到了朱元璋的耳朵裡。老先生宋濂很有學問，為人正直，朱元璋請他做太子的老師，連宋濂昨天吃什麼菜都知道，對這樣老老實實的人，也隨時派人監視著。朱元璋熱衷於用偷窺的方式，廣泛瞭解下面的各階層人們的動靜，因此自然會有一批人專門從這方面來討好朱元璋。錦衣衛設指揮使一人，由皇帝身邊信任的人——宦官來擔任，官級正三品，不高也不低，但卻是哪個品級的官員都害怕的。錦衣衛和朝廷任何部門都沒有隸屬關係，只聽皇帝的指揮。皇帝也非常喜歡聽他們的小報告，如果錦衣衛不能提出罪名嚴重的報告，將會顯出自己的無能，所以什麼見聞都報上去，來討好皇帝，有的官員寫首詩也會被報告給皇帝。設定詔獄，詔獄是由皇帝授權專門辦案子的內廷監獄，由太監掌權，不經過司法機關的正當程式，他們用刑殘酷，很多無辜的人被抓進詔獄都被屈打成招。
第五 大興文字獄。文字獄就 是當權人物對於文字的歪曲解釋。一個人如果寫文章，文字裡有諷刺皇帝或是朝廷的話，就會被砍頭。一個印度高僧，寫了一首謝恩詩給朱元璋，詩中有兩句是，“殊域及自慚，無德頌陶唐”，意思就是自己生在異國（殊域），很慚愧沒有生在中國，沒有資格歌頌中國的皇帝。但朱元璋卻說，殊是指歹朱，無德是說我沒有德，於是這個印度高僧被處斬。臣下給朱元璋上奏章，如果有用詞不對的地方，一律砍頭。普通人寫文章，文章裡有一個詞用得不妥也要被殺。有個著名詩人叫高啟應，詩中有“龍盤虎踞”一詞，居然被腰斬。因為朱元璋出身貧民，當過乞丐和和尚，內心極為自卑，產生了一種不正常的心理，所以別人的文章裡有不好的詞，朱元璋就以為是在影射罵他。文章裡就是有和尚和禿等字眼都會被砍頭，因為朱元璋認為是在諷刺他。孟子的文章裡的“民為貴，社稷次之，君為輕”這句話，朱元璋看後大怒，把孔廟裡的孟子的牌位撤掉。文字獄長達十三年，被殺的無辜的人也難以計數。
第六 廢除丞相。朱元璋害怕自己的大權旁落