內部也發生了細部分裂，形成激進與穩健兩派。激進派以孫文為首，主張把革命進行到底，決不與北洋派並存；穩健派則以宋教仁為首，主張政黨政治，透過國會，掌握政權。這一派在民國元、二年間是國民黨的多數。因此，宋教仁佔盡鋒頭；孫中山反而受到冷落了。可是，在民國二年(一九一三)二月二十日宋教仁遇刺，接著國民黨舉兵討袁(所謂&l;二次革命&r;)之後，國民黨內激進派，又振振有詞。孫中山因而在日本又把政黨形式的國民黨，以一人為中心的&l;中華革命黨&r;。並於民國三年六月在東京正式成立。
這時以國民黨佔多數的國會已被袁世凱下令解散；國民黨也成了非法組織，因而黨內穩健與激進兩派領袖同時在海外流浪。但是這兩派的作風卻大有不同。例如民國四年初日本向袁世凱提出&l;廿一條件&r;要求時，全國震動，穩健分子，則主張暫停反袁活動，以便北京政府全力對日；而激進分子則不擇手段，不惜暗中與日本聯絡共同對付袁氏。
由於這兩派作風之不同，所以當中山改組國民黨為中華革命黨時，穩健分子多不願參加。民初的國民黨中真可說是人才濟濟，但吾人試一翻&l;中華革命黨&r;的盟書，便可知人才寥落得可憐。新黨中的&l;知名人士&r;只是少數奉中山為神聖的&l;死黨&r;，如胡漢民、廖仲愷等人，且多半是與中山有鄉誼的。其外為辛亥前後，頭角崢嶸軍政兩界著名的領袖如黃興等則多半不願參加這一個只服從個人的半封建形式的組織。武人中原為辛亥軍事中堅的所謂留日&l;士官系&r;的人物，簡直有百分之九十拒絕參加。所以國民黨的中堅人才，仍集中於穩健一派。
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