至民國五年袁世凱稱帝，反袁各派在廣東肇慶組織軍務院，擁唐繼堯、岑春煊為首，整軍預備討袁。而在這項運動中，所參加而對桂系實力派發生重大影響的國民黨人卻又是以李根源(任副都參謀)為首的國民黨穩健派。
迨六月初袁氏暴卒，黎元洪繼任大總統，恢復舊國會，國民黨籍的穩健、激進兩派復與前反袁的研究系一派合作，共有議員四百餘人，謀成立一大政黨。因於是年在九月九日在北京合組&l;憲政商榷會&r;作為當時段祺瑞內閣之反對黨。而這一團體中又因背景與政見不同分為三派：(一)客廬派：以谷鍾秀、張耀曾、王正廷等為首。擁有群眾二百六十餘人，多為前國民黨穩健份子，為&l;商榷會&r;中之主力。(二)丙辰俱樂部：以林森、居正、馬君武等為首。多為前國民黨激進派，後來加入&l;中華革命黨&r;者。(三)韜園派：多為前反袁之舊進步黨人。未幾谷鍾秀、張耀曾二人因加入段祺瑞內閣的關係，乃率眾脫離&l;憲政商榷會&r;並於是年十一月十九日自組一政黨，名之曰&l;政學會&r;。這個&l;政學會&r;便是本文所討論的&l;政學系&r;的起源！所以概括言之，&l;政學系&r;與舊國民黨穩健派實是一脈相承的。
不過&l;政學會&r;雖以親段起家，但是不久又走上反段的道路。因為&l;政學會&r;畢竟是有反北洋派歷史的。它和國民黨其他派系，尤其是中華革命黨一系的&l;丙辰俱樂部&r;的淵源遠深於它和段的關係。因此當民國六年&l;參戰案&r;發生，段祺瑞因主張參加歐戰，而招致國民黨的激烈反對時，谷、張二人又受&l;丙辰俱樂部&r;的影響而去職。國會內的政學會分子遂公開反段。迨張勳復職之後，段祺瑞解散舊國會，另組&l;安福國會&r;，舊國會議員乃紛紛南下至廣州組織&l;非常國會&r;，成立&l;軍政府&r;，並選孫中山為&l;大元帥&r;。政學會因地利人和之便，乃在西南政局上掀起了前所未有的政治波瀾，終於趕走了大元帥孫中山，為華南煊赫一時的政治勢力！
(三)
當政學會在北京組織之初，谷鍾秀實是要角。鍾秀為直隸定州人。谷氏為該地巨室。谷門&l;鍾&r;字輩兄弟早年赴日留學即加入同盟會。鍾秀更是一位長於權術的領袖。辛亥起義之初，十一省代表齊集武昌集議成立臨時軍政府，鍾秀即以直隸諮議局代表參加，成為創立民國及共和政府的元勛之一。旋各省代表齊集南京成立參議院，選孫文為臨時大總統，鍾秀仍為參院內直隸代表。迨南京參院遷往北京，鍾秀竟當選為北京參議院全院委員長。嗣國會成立，乃改任眾議員，與是時當選為眾院全院委員長之張耀曾相表裡。
張耀曾雲南人，日本帝大法科出身。亦系南京參議院的元勛。袁世凱死後，段祺瑞組閣，耀曾乃以眾院全院委員長身分被羅致為司法總長。迨政學會成立，谷、張二氏乃運用其政學系首領及兩部總長的地位，縱橫於直、皖兩系軍閥及國民黨研究系兩派政客之間，頗能展其所長。其後鍾秀且以同鄉關係結交直系軍人以掀起民國九年直皖之戰，搞垮段祺瑞。
但是當民國六年非常國會在廣州舉行時，政學系領袖亦隨之南移，並由李根源、楊永泰二氏繼起為中堅人物。李根源自印泉，號雪生，雲南騰越廳人。清末赴日入士官(學校)留學，並於光緒丙午(一九○六)年在東京加入同盟會。返國後任雲南講武堂監督三年，後升總辦。因此後日滇軍將領非其部屬即其學生。貴為中共大元帥的朱德便是以四川人冒雲南籍入昆明講武堂作根源學生的。
辛亥革命雲南獨立，蔡鍔為都督，根源任副都督。民國五年反袁之役，滇軍為兩廣都司令部武力之中堅，根源便以滇軍關係出任副都參謀，因此與老桂系的岑春煊、