陸榮廷結下不解緣。袁氏死後，根源出任陜西省長。至民國六年反段護法戰爭發生，根源且實際掌握了駐粵滇軍，與&l;非常國會&r;內政學系議員相表裡，表面擁護孫中山，而實際與兩廣實力派的地方軍閥陸榮廷、陳炳焜合作，割據華南，與北京的段祺瑞和研究系相抗。李根源是一位才兼文武的人物。雖然生了一臉麻子，然自詡為&l;智珠粒粒&r;，卻也與事實相符。
不過根源雖然是政學系的實際領袖，卻甚少正式露面，所以在當時非常國會內的政學系議員，則以&l;南關五十號&r;的楊永泰為馬首是瞻。楊永泰(暢卿)為廣東茂名人，生於光緒六年(一八八○)，小李根源四歲。以廣東佬而畢業於北京匯文大學法科而從政。也是北京參議員時代的元老。暢卿是一位案牘如流，有高度行政天才的人物，眼明手快；凡有人質疑問策，楊氏能於談笑之間立擬&l;上&r;&l;中&r;&l;下&r;三策以對，無不妥切。他在廣東既享地利，又懷鉅金，因此坐了政學系的二把交椅。
以這樣兩位縱橫家，與擁兵十餘萬，佔兩省地盤的地方軍閥相結納，因而孫中山在廣州只頂了個&l;大元帥&r;空銜而一籌莫展。但是中山的英雄本色，硬要搞他毫無本錢的&l;護法運動&r;和&l;非常國會&r;，便逐漸引起政學系和桂系驅孫之心了。民國七年四月廣州&l;軍政府&r;終於在政學系暗地裡策畫之下改組。孫中山被拉下&l;大元帥&r;的寶座，而代之以&l;七總裁&r;。桂系首領岑春煊卻被選為&l;主席總裁&r;。孫中山護法不成只好到上海去著書了。
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