民國八年夏季，楊暢卿又利用桂系和廣東本地人的矛盾，而因緣取得廣東省長。翻手為雲，覆手為雨，這時政學系在華南真炙手可熱。但是他們也知道搞政治，還須到北京去，廣州終非久戀之鄉。所以他們在廣州一切做法，都是志在向北京作觀望，以便捲土重來。不幸此時還有一批擁孫的議員，真有志以廣東為正統，要在非常國會內透過一部在北京便已開始擬定的憲法。政學系認為此風不可長。在暢卿一度策畫之後，政學系小試牛刀，來個&l;總缺席&r;，憲法會議便頓時流產了。這實是政學系以集體行動正式公開&l;杯葛&r;政敵的第一次。
可是此後不久，政學系在南方又失勢了。第一，滇系軍人之間，發生了&l;二季(根源、烈鈞)爭兵&r;的內鬨。至民國九年春鬥爭至白熱化，結果滇軍主力被傾向孫中山的李烈鈞搶走了。李根源和桂系合作的本錢頓時打了個大折扣。再者同年八月又發生了陳炯明&l;漳州回師&r;的變化。孫中山和他的國民黨激進派重回廣州掌握軍政府。李根源的殘部和桂系的主力一併給孫中山的粵軍消滅了。嗣後中山打平兩廣，政學系久為中山所痛恨，自無立足餘地。迨炯明背叛中山，政學系又向炯明送秋波，希冀合作，然炯明對政學系無好感，政學系終無法乘間。
孰知天無絕人之路，正當這山窮水盡之時，北方政局，峰迴路轉，又是一番柳暗花明。原來民國九年七月底，直皖戰爭之後，與政學繫有相當淵源的直系軍人曹錕和吳佩孚，想乘機肅清皖系在中央政府殘餘勢力所寄生的&l;安福國會&r;，和該國會所產生的總統徐世昌。經過一年多的醞釀，徐世昌終於民國十一年六月被迫去職，同時&l;安福國會&r;解散，舊國會二度恢復，黎元洪也作了第二次的總統。這時本來&l;妾身未分明&r;的政學系舊國會議員在谷鍾秀、楊永泰等領導之下，又活動起來。為加強活動並以舊班底集合了國會議員四十餘人，正式組織了一個政黨叫&l;憲政社&r;，擁護黎元洪。黎氏東山再起，本是孤家寡人，也落得與政學系合作，以圖減輕直系軍人之壓力。因此當黎元洪邀張紹曾組閣時，李根源被網羅為農商部總長，該系另一要角彭允彝則出長教育。這一項新發展因而引起了政學系與直系軍閥的正面衝突。黎元洪也因此視政學係為其死黨。所以當黎氏為直系軍人壓迫去職時，索性任命李根源為國務總理，並&l;裁撤&r;所有巡閱使和督軍。此舉雖系黎氏憤懣的表示，但是卻宣佈了政學系和直系軍閥的正式離婚。因此當民國十二年十月曹錕&l;賄選&r;時，政學系遂為反曹的主力。在四百八十個投曹錕票的&l;豬仔&r;之中，政學系的領袖們皆不與焉。所以不論政學系的功過如何，這一點還是值得史學家讚揚的。不過&l;豬仔&r;們的靈魂，雖只值五千元一頭，但是當議員還有不做豬仔的自由，五千元光洋，受不受由你，而政學系諸公不但不受且敢捋虎鬚而公開反對，這都表示政學系這批領袖們，雖都是善於縱橫捭闔的政客，但是他們也還有相當操守，和相當獨立的主張，為人處世有所為有所不為，這又豈是一味罵軍閥時代一無可取的後世&l;委員&r;和&l;代表&r;們所可企及！？
不過有組織的政學系，在曹錕賄選後，已不能復振。民國十三年冬，二次直奉戰爭爆發，曹錕因馮玉祥倒戈而被囚。北京政府成了張作霖、馮玉祥和段祺瑞的合營公司，並以段為&l;臨時執政&r;。政學系遂又依附於三派中較為進步的馮玉祥。但這時馮玉祥的力量本甚微弱，政學系本身也已成強弩之末，迨馮玉祥敗出南口，政學系在華北的政治生命也就不絕如縷了。
至於華南，政學系則已被連根拔去。蓋中山於民國十二年初驅逐陳炯明，重組大元帥府之後，廣州已是與政學繫有舊怨的清一色孫系人物。他們絕不