恩已經帶兵來到城下。劉裕命令所有軍隊藏匿在城中，城門大開，派一些士兵化裝成百姓，向孫恩的軍隊說鮑陋知道城不能守，已經棄城逃了。孫恩認為鮑陋這支弱旅逃跑並不奇怪，但他沒有想到北府軍會來，於是毫無戒心地帶兵入城。他剛入城中便被劉裕的軍隊亂箭狂射了一通，又被騎兵來回衝殺。孫恩被打得暈頭轉向，趕緊退出城去，這時士兵已經損了十之二三。劉裕帶兵追出來繼續衝殺，孫恩的軍隊根本就沒想到北府軍來得這麼快，已無戰心，落荒而逃，再次退入海中。劉裕知道自己的兵少，剛才是殺了孫恩軍隊一個措手不及，所以才打了勝仗，於是並不追趕，而是趕緊回城加固城防。
孫恩見海鹽也有北府軍防守，不敢再進攻這裡，可是又不甘心就此回到海島，於是繼續北上進攻滬瀆。這一次他攻下了滬瀆，並把鎮守滬瀆的吳國內史袁崧殺死。孫恩以滬瀆為根據地，招募士兵，打造兵器，很快就擁有了十多萬大軍，以及一千多艘船隻。然後由滬瀆逆江而上，殺奔建康。
劉牢之因為離得太遠，追之不及，便下令北部的劉裕帶著他的一千騎兵飛速去援京城。
孫恩的先鋒軍隊在丹徒上岸，剛剛攻下丹徒，劉裕的軍隊趕到了。兩軍在丹徒決戰，孫恩大敗。孫恩十分納悶，北府軍怎麼會跑得如此之快呢？他趕緊撤軍，回攻鬱洲（在江蘇灌雲縣東北。原來在海中為島，今天已經與大陸相連）。這時劉裕已經補充了兵力，率一萬精騎馳救鬱洲。孫恩在鬱洲又被劉裕打敗。孫恩沿著東南海岸一路南逃。劉裕則在陸地上跟著追，在滬瀆、海鹽接連大敗孫恩。孫恩非常苦惱：&ldo;劉寄奴這廝難道會騰雲駕霧麼？究竟是人是妖？&rdo;被劉裕是人是妖的問題所困擾的孫恩最後放棄了進軍東晉的想法，又回到海島。劉裕又奏請朝廷禁止百姓出海，孫恩因此得不到大陸的供給，再沒有能力進攻。
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