儘管各合作文明積極採取各種舉措推動文明融合，並且已經取得了一定的成效，但在這一複雜的過程中，不可避免地會出現一些衝突。這些衝突源於不同文明之間在價值觀、文化、利益訴求等多方面的差異，若不能妥善處理，很可能會阻礙文明融合的程序，甚至破壞好不容易建立起來的合作關係。因此，構建一套完善的衝突與化解機制，便成為了保障文明融合順利推進的關鍵所在。
在價值觀方面，不同文明有著各自的核心價值觀念，這些觀念是在其漫長的發展歷程中逐漸形成的，深深地烙印在文明的每一個層面。例如，有的文明將集體主義奉為圭臬，強調個體對集體的奉獻和服從，認為只有集體的繁榮才能帶來個體的幸福；而有的文明則更注重個體的自由和權利，鼓勵人們追求個人的理想和價值實現。當這兩種價值觀在文明融合的過程中相遇時，就容易引發衝突。
比如，在一個聯合科研專案中，來自集體主義文明的科研人員更傾向於按照統一的計劃和安排進行工作，認為這樣能夠高效地實現專案目標；而來自注重個體自由文明的科研人員則希望有更多的自主性，能夠根據自己的想法和節奏來開展研究。這種差異導致了雙方在專案執行過程中時常出現意見分歧，影響了專案的進度。
為了解決這類價值觀衝突，各合作文明建立了“價值觀溝通與協調機制”。定期組織跨文明的價值觀研討會，邀請各文明的學者、專家以及普通民眾代表參加，在會上大家坦誠地分享自己文明的價值觀形成的歷史背景、內涵以及對社會發展的影響，增進彼此的理解。同時，針對具體的合作專案，成立專門的價值觀協調小組，由雙方熟悉各自文明價值觀的人員組成，在專案開展前就對可能出現的價值觀衝突進行預判，並制定相應的協調方案。
例如，在上述的聯合科研專案中，價值觀協調小組經過討論，決定採取一種折中的工作方式。在專案整體框架和目標設定上遵循集體主義文明的要求，確保專案有一個明確統一的方向；而在具體的研究方法和實施步驟上，則給予注重個體自由文明的科研人員一定的自主性，讓他們能夠根據自己的專業知識和經驗進行適當的調整。透過這種方式，有效地化解了價值觀衝突，保障了專案的順利進行。
在文化方面，文化差異是導致衝突的另一個重要因素。不同文明有著獨特的語言、習俗、藝術、宗教等文化元素，在交流和融合過程中，很容易因為誤解或不尊重對方文化而產生矛盾。
比如，在一次多元宇宙文化交流活動中，一方文明展示了他們傳統的祭祀儀式，這一儀式在他們的文化中有非常重要的含義，是對祖先和神靈的崇敬與感恩。然而，來自另一個文明的一些參與者由於不瞭解其文化內涵，在觀看過程中表現出了不當的行為，如嬉笑、隨意評論等，這引起了該文明參與者的極大不滿，差點引發一場激烈的衝突。
針對文化衝突，各合作文明設立了“文化衝突預防與調解機制”。一方面在各類文化交流活動開展前，會對參與人員進行全面的文化培訓，透過講解、影片展示、模擬體驗等方式，讓他們深入瞭解對方文明的文化習俗、禁忌等內容，避免因無知而造成冒犯。同時，在活動現場設定文化引導員，由熟悉雙方文化的人員擔任，隨時為參與者提供文化方面的指導和解釋，及時糾正不當行為。
另一方面，一旦發生文化衝突，調解團隊會迅速介入。調解團隊由文化專家、外交人員以及熟悉雙方文化的人士組成，他們會首先安撫雙方情緒，避免衝突進一步升級。然後，深入瞭解衝突發生的原因和雙方的訴求，依據尊重文化多樣性的原則，透過溝通、協商等方式，找到一個雙方都能接受的解決方案。
例如，在上述祭祀儀式衝突事件中，調解團隊迅速趕到現場，先向受到冒犯的文