偽忠王李秀成方率死黨狂奔，將向旱西門奪路衝出，適為陳湜大隊所阻遏，乃仍轉回清涼山。
江南提督黃翼升率許雲發等水師各營攻奪中關攔江磯石壘，乘勝猛攻濱江之賊，遂與陳湜、易良虎等奪取水西、旱西兩門，將守賊殲除，由是全城各門皆破，大勢已定。
日色將冥，陳湜、易良虎遙見忠酋賊隊隱匿於西南房屋之內，益戒所部嚴防賊沖。彭毓橘置守聚寶門、通濟門，李臣典、李祥和扼守太平門，黃潤昌、王遠和、朱洪章等見星收隊，結為圓陣，站立龍廣山，稍資休息。此水陸各軍攻克西南兩城及分守要隘預防賊股衝突之情形也。
方朱洪章等與賊搏戰於偽天王府城北之時，沈鴻賓、周恆禮、袁大升等率隊從左路卷旗疾趨，繞偽城之東設伏，出奇為擒渠掃穴之計。迨朱洪章戰馬帶傷，悍賊隱扼石橋，我軍隊伍不能飛越城河繞偽城之西。
當日暮苦戰之後，正兵收隊龍廣山，而伏兵深入，由偽城之東逶迤而南不能收隊。時已三更矣，偽忠王傳令群賊將天王府及各偽王府同時舉火焚燒，偽宮殿火藥沖霄，煙炎滿城。（這是曾國藩的謊話）
袁大升、周恆禮、沈鴻賓等見偽殿前南門突出悍賊千餘人，執持軍器洋槍向民房街巷而去，知是洪逆竄至民房，遂率隊腰截擊之，殺賊七百餘人，奪偽玉璽二方，金印一方，寬廣約七寸，即洪酋僭用之印也。
其偽宮殿侍女縊於前苑內者不下數百人，死於城河者不下二千餘人。
其時偽城火已燎原，不可嚮邇，街巷要道，賊均延燒，塞斷官軍，以暮夜路徑生疏，不能巷戰，遂收隊站城。此十六夜攻破偽天王府內城斃賊極多之情形也。
是夜四更，有賊一股假裝官軍號衣號補，手持軍械洋槍，約千餘人，向太平門地道缺口衝突，經昆字湘後左右各營截擊，多用火桶火蛋焚燒，人馬死者已多，約尚有六七百人騎馬衝出，向孝陵衛、定林鎮一路而逃。伍維壽、楊鉀南、陶立忠等急率馬隊跟追。
曾國荃一聞騎賊裝扮官軍逃出之信，即加派張定魁、李泰山、黃萬鵬、黃廷爵等馬隊七百騎追之，兼飛諮溧水、東壩、句容各守隊會合追剿。
直至十九日酉刻，伍維壽、黃萬鵬等回營，面稟追至淳化鎮，生擒偽列王李萬材帶領前進，追至湖熟鎮見逃賊在前，當經馬隊圍住，全數斬刈，未留一人。又追至溧陽，據百姓言前路並無賊蹤。
經過曾國荃親訊，李萬材供稱，城破後偽忠王之兄巨王、幼西王、幼南王、定王、崇王、璋王乘夜衝出，被官軍馬隊追至湖熟橋邊，將各頭目全行殺斃，更無餘孽。
又據城內各賊供稱，首逆洪秀全實系本年五月聞官軍猛攻時服毒而死，瘞於偽宮院內，立幼主洪福瑱重襲偽號，破城後偽幼主積薪宮殿，舉火自焚等語，應俟偽宮火熄，挖出洪秀全逆屍，查明自焚確據，續行具奏。
至偽忠王李秀成一犯，城破後受傷匿於山內民房，十九日夜，提督蕭孚泗親自搜出（曾國藩的謊話），並搜擒王次兄洪仁達。二十日，曾國荃親訊，供認不諱，應否檻送京師，或即在金陵正法，諮請定奪。
其餘兩廣、兩湖、江北多年悍賊，十七八等日，曾良佐、周光正、鄧吉山、劉泰財、聶福厚、譚信高、胡克安、朱連甲、王春華、黎冠湘、彭維祥、陳萬合、朱連泗、謝三洪、李臣榮、彭玉堂、劉金蘭等分段搜殺，三日之間斃賊共十餘萬人（曾國藩的謊話），秦淮長河，屍首如麻，凡偽王、偽主將、天將及大小酋目約有三千餘名，死於亂軍之中者居其半，死於城河溝渠及自焚者居其半，三日夜火光不息。
至十九日尚有賊踞高屋之巔，以洋槍狙擊官軍者。此馬隊窮追逸出之賊，及搜剿逆酋並群賊之情形也。
現在派營救火，掩埋賊屍，安置難民婦女，料理善