認為那是被綁架的皇帝：他更希望像祖父那樣權掌天下、隨心所yù，他認為這才是真正的皇帝。為了達到這一目的他曾經在大婚之前，便用強留張居正，和廷杖膽敢反對言官，向文官展示自己的鐵腕……朕已經長大了，成為一個迥異於先帝那樣的皇帝，你們最好放聰明點！
事後萬曆反思那一次的教訓他開始後悔那次聽了張四維的話，用罪己詔結束了那場紛爭，他覺著自己應該再強硬一些……像自己的祖父那樣把所有不肯聽話的大臣，管他一百還是二百人統統廷杖，然後都趕出京城去！那樣才能天下太平……
然而像上次那樣的軒然大bō，畢竟是多年不遇的，絕大多數時候，朝堂上還是死水微瀾的……尤其是張居正去後，最大的不安定因素不存在了，首輔沈默開始用溫和的手段，安撫被張居正整得死去活來的朝廷和地方官員，比如將考成法的考核標準，從完成九成減為八成：對沒完成任務的官員，他也再給一年的觀察期，再次完不成，才會處罰。
如此種種，使首輔大人寬仁的名聲達到了頂點，百官也從張居正的高壓下松過氣來，俯首稱頌還來不及，又怎會給他找麻煩？
沒有機會舉起大棒，萬曆想要拿回權力，就太吃力了。公平公道的說，他確實是個早熟的君主，無論是先天的聰明才智，還是後天得到的教育，都要超過他的父親。所以為了爭回自己的權力，他可謂下了很多苦功夫為了以高貴的儀表，給臣僚們以深刻的印象，讓他們認識到君主的成熟。萬曆特意向戲劇演員學習了發聲，並按照太祖皇帝制定的禮儀，要求自己的行為舉止。他的坐姿端莊威嚴，動作優雅沉穩，神情泰然自若，聲音發自丹田，深沉有力，並有餘音嫋嫋果然令不少大臣稱頌他是少年英主。
為了能加重權威，他每天都要親自批閱奏章。奏章大體分為兩種，一種是各部院以本衙門的名義，呈送的“題本”上面的內容大都屬於例行公事，很少會引起爭執。另一榫則是京官以個人名義，呈送的稱為“奏本”上面呈奏的事項，十有八九是本職之外的。比如奪情事件中，上疏的吳中行和趙永賢是翰林官，艾穆和沈思孝乃刑部司法官員，部元標更是通政司的觀政，這些人上的就是“奏本”因為屬於個人的批評或建議，所以事先不必通知自己的上級。
面且按照規矩，如累認為事態緊急，或者奏本會被通政司扣下，呈奏者可以自己送到午門，由管門太監接受，然後直送御前。因此奏本的內容，在皇帝看到，並送內閣票擬之前，百官是無從知悉的。所以引起震動的本章，往往屬於這一類。
楊繼盛彈劾嚴嵩十大jiān，沈煉彈劾嚴嵩，海瑞的《治安疏》，乃至吳中行等人的辜疏，無一例外屬於這種情況。
雖然皇帝不能直接在奏本上批示，而是要在內閣出票之後，再酌情照票批紅，但是萬曆還是很認真的閱看這類奏本。因為他堅信，偌大一個大明朝，這麼多事情這麼多人，不可能沒有不平之事、不平之人，他要做的，就是把這些不平人、不平事找出來，亮明瞭。一來可以顯示自己火眼如炬、明察秋毫，更重要的是，要給內閣找麻煩！
準確說，是找沈默的麻煩。
皇帝的思路很清晰，他知道沈默經營二十年，黨羽門徒遍佈兩京十三省，有道是林子大什麼鳥都有，他就不信這麼多沈黨中人，就都那麼省心，沒有一個給沈默招風惹雨的。
熟讀《二十一史》的萬曆皇帝堅信，這一招是無堅不摧的。就算北宋那群推行慶曆新政的君子黨，不也是被這樣擊破的麼？
當初慶曆新政推行起來，因為范仲淹為首的君子黨完全掌握了朝政，這讓守舊的反對派十分惱火，想把他們趕出京城。然而范仲淹這夥人的名聲太好了，就連仁宗皇帝也動不得他們。但反對派還