人是殺一千次不為枉殺的，那就是男的做漢奸，女的與人通姦。漢武帝好大喜功，早將此戰視為大漢朝的尊嚴，司馬遷不知趣竟為敗軍叛將說話，冒犯了龍顏。結果可以想象。天漢三年（前98年），傳聞李陵帶兵攻打漢朝。漢武帝信以為真，草率的將李陵的母親、妻子、兒女全部誅殺。司馬遷也被處於宮刑，像一隻可憐的家禽牲畜一樣被閹割，失去了男人之根本。
宮刑不僅是從肉體上摧殘人，更是從精神的汙辱人。身受極刑的司馬遷痛不欲生。這一點從他著名的《報任少卿書》一文中可以看出：“士可殺不可辱”，讀書人的心高氣傲使他不止一次像哈姆雷特王子那樣反覆質詢自己“生存，還是毀滅”？他身陷囹圄，如參禪苦僧，最終參透了生死大義：“人固有一死，死或者重於泰山，或輕於鴻毛”（《報任少卿書》），現在一死，雖然擺脫世人的嘲笑和君王的戲弄？但是畢竟是屈辱死去。他選擇了忍辱含垢，苟且偷生，去完成他一生的夙願，不，這不僅是自己還是司馬家族的夙願，更是給一個時代的交待，“為往聖繼絕學”，完成史家的責任！
他要活下去，而且死也要“死而不朽”。古人云“太上立德，其次立言，其次立功”（《左傳&；#8226；襄公&；#8226；二十四年》），這是千古以來人們認為可以達到“死而不朽”的三種方式，司馬遷希望透過“立言”來實現自己乃至整個司馬家族的不朽。
太始元年（前96年），漢武帝改元大赦天下，這時司馬遷已是五十“知天命”的年紀。也許是漢武帝在處理李陵這事上過於草率而有悔意，在處理司馬遷因言得禍的事上過於苛刻而有歉意，讓司馬遷出獄後擔任中書令。這中書令不是食祿六百石的小官了，而是屬於“尊寵任職”。中書令是負責直接向皇帝上奏的密奏“封事”（奏陳秘密事項），責任重要，在西漢都是由皇帝最信任的人擔任。司馬遷兼任此職，是中國歷史上第一位中書令，他以太史公的身份擔任中書令，朝位在丞相之上。所以也難怪任少卿會寫信給司馬遷，要求他“慎於接物，推賢進士為務”。
然而，此時的司馬遷早已看透朝政，淡泊名利，心中唯有一念，專心致志寫好《史記》。
徵和二年（前91年），司馬遷完成了煌煌鉅著《史記》，這不是秦失天下以來的漢史，而是上下三千的通史，文130篇，字52萬6千5百。
也許是因嘔心瀝血而心力交瘁，也許是歷史使命完成，人生得以圓滿，《史記》完成後司馬遷已是燈枯油盡。他讓伴在身邊的女兒司馬英另抄了一份《史記》，作為“副本”留在長安，交給漢武帝審查；將原稿作為“正本”藏之於名山。這名山就是“華山腳下”司馬英的婆家。徵和三年（前90年），心不再有憾的司馬遷安然死去。
面對司馬遷呈上來的《史記》，漢武帝內心是矛盾的。漢武帝知道這個讓他摧殘失去男人之身、讓一部《史記》掏空了身體的人會怎樣評價自己。司馬遷身為近臣太史令兼任中書令，漢武帝許多不光彩的事都發生他的眼皮底下；再則司馬遷因替李陵辯護獲罪，是漢武帝給了他肉體和精神的雙重摧殘。於朝，司馬遷是漢武帝的臣下；於史，漢武帝則在司馬遷筆下。司馬遷是那個唯一能與漢武帝取得平等對話的臣下。漢武帝敬重這個臣下，但又畏懼這個臣下。漢武帝看到《史記》，用了三年時間去回味一生的功過是非，於徵和四年（前89年）下了《罪己詔》，向天下人昭告：自己給百姓造成了痛苦，從此不再窮兵黷武、勞民傷財，甚至表白內心悔意。後元二年（前87年）也就司馬遷死的第三年，漢武帝帶著司馬遷對他的評價，也壽終正寢。那本送給漢武帝的“副本”不知所終，或許伴隨漢武帝長眠去了。所幸司馬遷多留了一個心眼，將《史記》正本藏之於名山，二十年後，司馬英的兒