這時殷仲堪、桓玄和殷仲堪的司馬、堂邑太守楊佺期率軍在湓口（湓水入江之處，在江西九江縣西）擊敗江州刺史王愉，王愉逃到臨川（今江西撫州）。殷仲堪繼續進軍到牛渚（今安徽省馬鞍山採石磯），正遇到庾楷和司馬尚之大戰，殷軍助戰，司馬尚之大敗，逃回石頭城。
殷軍和庾軍聯兵來到石頭城下。這時傳來訊息，劉牢之陣前反戈，已經擊敗王恭軍隊。司馬元顯也帶兵回到石頭城，劉牢之正率北府兵馳援京師，已經進軍到新亭（江蘇省南京市江寧縣南）。桓玄和楊佺期都有些擔心。這時桓沖的兒子，左衛將軍桓修向司馬道子獻計，請司馬道子再封賞桓玄和楊佺期二人，讓二人退兵。司馬道子於是上表後任命桓玄為江州刺史，楊佺期為雍州刺史。兩個人一下子成了封疆大吏，都很高興，不願意再冒風險，於是勸說殷仲堪罷兵。殷仲堪見王恭敗了，桓、楊二軍也要回去，他也只得帶兵退回江陵。桓玄、楊佺期則分別帶兵分赴武昌、襄陽上任。庾楷則被降為武昌太守。庾楷雖然心裡很不服氣，但現在只剩下了自己一支隊伍，如果繼續打下去肯定會敗，也只得罷兵，聽任安排。
司馬元顯因軍功被升為中領軍（掌管所有的禁衛軍，算是京城衛戍部隊總司令）。司馬道子身體有病，又不願意管理朝政，而且兩次兵變都是由他而起，加上這個人貪汙腐化，所以很不得人心。司馬元顯趁此機會向白痴皇上的親弟弟司馬德文請求接替父親，並向朝臣們施加壓力，最終如願得到了父親司馬道子的職務，並擔任揚州刺史，司馬德文為司徒。司馬道子雖然很戀權，但由於政聲太壞，沒有威望，權力盡失，也只好由兒子去了。
司馬元顯在朝廷中安插親信，並重用會稽張法順。張法順向司馬元顯建議說：&ldo;現在荊州兵、北府兵都很厲害，人家只要來打，憑京師這點兒禁軍肯定打不過人家。一旦再有王恭這樣的人反叛，我們還是要吃虧。應當招募新軍，擴大你手中的兵力。&rdo;司馬元顯於是在三吳八郡強制徵兵。
在王恭第二次進軍京師的時候，&ldo;五斗米道&rdo;創始人杜子恭的徒弟孫泰，以替朝廷徵討王恭為名，私下裡招兵買馬，儲備錢糧，準備造反。司馬元顯後來將計就計，以徵討王恭有功要封賞孫泰的名義把孫泰誘入京中，斬首示眾，並把孫泰的六個兒子全殺掉。孫泰的徒弟孫恩、盧循率一百多個死黨東逃入海，藏在海島中。等司馬元顯在三吳徵兵的時候，孫恩和盧循趁著人心騷動，對徵兵不滿，上岸後招集了五斗米道的八千信徒，攻入上虞，殺死上虞令，然後聲討司馬元顯父子的罪行。這一號召頗得人心，一心投奔來的老百姓達到十多萬。
孫恩又帶兵攻打會稽。會稽內史是王凝之，他是王羲之的二兒子，這個人沒什麼本事，孫恩來攻的時候，他竟然作法請天兵天將。結果會稽很快被攻破，王凝之連逃都來不及，被孫恩計程車兵殺死在法壇之上。很快孫恩佔領了會稽、吳郡、吳興、義興、臨海、永嘉、東陽、新安等三吳八郡，聚兵二十多萬，官軍望風而逃。孫恩遂於會稽自稱徵東將軍，號義軍為&ldo;長生人&rdo;。
孫恩的勢力發展得這麼快是因為他得到了大量士族豪強的私下支援。朝廷徵&ldo;免奴為客&rdo;者（指本身或父祖是奴隸，但已放免為佃客的壯丁）當兵，這些人很不願意應徵當兵。而徵這部分人，對其佃主也是損失，從而引起世家大族對政府的不滿。所以一時&ldo;東土囂然，人不堪命&rdo;。豪強士族們都想給朝廷一個狠狠的教訓，所以孫恩率五斗米道眾取得一兩次小勝利後，便立刻在經濟上和兵源上得到迅速補充。
司馬元顯急忙派衛將軍謝琰、鎮北將軍劉牢之率兵鎮壓。劉牢之的北府兵戰鬥力極強，一路連勝，一直殺到錢塘。在錢塘為尋找敵軍主力，劉牢