源，並將此作為最高範疇，因此人們稱該體系為“理學”。“理學”之集大成者是南宋朱熹。朱熹的思想體系被稱為“朱子學”，逐漸成為了儒學的主流。
或許是受佛教的影響和刺激，朱子學的說教方式充滿了濃厚的道教色彩。其中提到，世界充滿了氣，動態之氣為“陽”，靜態之氣為“陰”。
理將氣看作是異次元之物，氣為形而下，理為形而上，於是發展為二元化的存在論。
人間之理為道德，自然界之理為自然法則。朱子學對這兩者未加以區分。同樣為理，應究其根本。
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第五章 思變之道101101朱子學提出“格物致知”。不僅要探索內在之理，還要探索外在之理。世間萬物，應窮其根本，這屬於徹底的主知主義。
朱子學的另一特徵——絕對重視名教。它主張秩序是永遠的真理，應該拋除私慾，不允許對封建秩序進行批判，這極大地迎合了封建統治階級的需要。此後，科舉以朱子學為基礎，學問研究統一為清一色的朱子學。
“理”之上為絕對，因此理的秩序（三綱、五倫、五常等）被稱為超越批判的理論。
對於“君子”和“仁”，《論語》是較為隨意地對個別、具體情況展開的論述。仔細考察便會發現，其中有前後矛盾之處，因此不能成為體系基礎，但同時也顯示了儒學的豁達與開朗。相對於此，朱子學對儒學進行了嚴格的總結概括，使其系統化，同時也導致儒學被束縛住了。
朱子學具有思辨主義、主知主義、道德主義、嚴格主義的特徵，與具有戰鬥性的佛教和老莊思想相比，具有護教性。
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孔子教之道
雖然朱子學符合了為政者的需要，但是被接受的過程也不是一帆風順的。朱熹身為南宋官僚，難免不被捲進政治旋渦。當時南宋朝廷中，宰相趙汝愚和韓侂冑（1152—1207）分為兩大派系。朱熹屬趙汝愚派，他研究的學問被視為“偽學”而遭禁，其門生也遭到*。這就是有名的“慶元偽學之禁”。慶元為當時的年號。“偽學之禁”的解除在朱熹死後兩年，是韓侂冑為贏得民心而採取的政策。朱子學逐漸被完全解禁，並傳播開來。由此可見，朱子學並非一開始便是迎合為政者需要的。
朱熹對儒學作出的經典闡述，在元延祐二年（1315）被列為科舉考試？
102儒教三千年的指定科目。雖在蒙古族統治的元朝時期科舉制度被一度廢止，在此後重新登上了歷史舞臺。到了明代，朱熹的《四書集註》也為科舉所用，朱子學的官學色彩逐漸濃厚。將學問作為立身出世的道具——這是朱熹最不齒的，但很具有諷刺性的是，他的學問卻為科舉所用。
明代王守仁（1472—1529）提出了理即為忍耐心的主觀唯心主義體系。他號陽明，因此他的研究體系也被稱為“陽明學”。朱子學為思辨式漸進思索，提高知識積累，主張“格物”，即洞悉世間萬物。理學除自身外還包括外界事物。而陽明學強調“心即理”，良知存在於人的內心，應當釋放出來。陽明學提倡“行知合一”，重視行動。
用佛教語言來形容，朱子學為“漸悟”式，陽明學為“頓悟”式。
陽明學與朱子學一樣，都將“理”視為最高，皆為“理學”，但其實質與訓詁學完全不同。朱子學在官學化後，便喪失了其精華，因此有人認為陽明學為儒學注入了新的活力。總之，作為與官學相異的陽明學，其性質是反體制的。
日本江戶時代，朱子學被作為官學，陽明學者佐藤一齋（1772—1859）曾在昌平黌講授朱子學。熊澤蕃山、大鹽中齋（1793—1837）、佐久間象山（1811—1864）、吉田松陰（1830—1859